世界首部“水稻基因近义词典”诞生

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华中农大牵头 方便研究人员对不同种质基因等进行查询分析

洪山实验室科研人员在进行水稻研究记者近日从华中农业大学获悉，华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室张建伟教授课题组发表最新研究成果。该校张建伟教授课题组联合国内外高校与科研团队，以代表亚洲稻群体结构的高质量基因组为对象，构建并全面分析基因组倒位图谱，建成了世界上首个基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库——水稻基因索引数据库。相关研究成果已在《自然·通讯》与《分子植物》发表。

亚洲栽培稻是世界一半人口的主食。预计2060年至2070年，世界人口数量将增加到约100亿，科研人员迫切需要培育产量高、营养丰富、绿色环保和气候适应性更强的新品种。

据介绍，这个数据库如同一本近义词词典。在数据库里，亚洲稻的每一个基因都能轻松找到同源或相近的基因，以及追踪其演变历史。目前，数据库储存于华中农业大学，向全球开放免费使用。张建伟表示，全球有约五百万份水稻种质及其野生近缘种，这些资源的基因组变异中（单核苷酸多态性、插入缺失、倒位和易位等）蕴藏着品种改良的重要信息，对其开展基于泛基因组的多组学研究具有重要意义。

水稻基因索引数据库可为每个水稻基因建立一张“综合图文信息卡片”，实现不同功能和常用数据库之间的快速链接，记录包括OGI、基因通用名、序列、功能、表达等基本信息，并以可交互示意图展示该基因转录本结构、可变剪接事件、同源关系网络图和系统发育树等。

该平台能为用户提供丰富的模块和工具，方便研究人员对不同种质基因以及基因同源关系进行查询、分析和可视化，为全球水稻研究学者提供免费在线检索和分析服务。研究员可通过关键词、序列、同源关系等三种方式在数据库中进行搜索，并在微观和宏观尺度对种质间基因组共线性进行分析和可视化。

记者：郑莉莉 张宇驰通讯员：丘剑山

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